Giovanni Anguissola è stato un condottiero italiano. Era figlio di Gian Giacomo Anguissola, conte di Piacenza e di Angela Tedeschi. Nel 1541 entrò al servizio di Pier Luigi Farnese, duca di Parma contro la famiglia romana dei Colonna.
Il 10 settembre 1547 ferì a morte il Farnese gettandone il corpo nella fossato del castello. La congiura fu ordita anche grazie all'appoggio del cognato, Aloisio Gonzaga[1], marchese di Castel Goffredo e di Ferrante I Gonzaga, al tempo governatore di Milano.
Dal 1550 al 1558 fu scelto da Ferrante I Gonzaga e dal cardinale Ercole Gonzaga per ricoprire la carica di amministratore del feudo di Castiglione, Castel Goffredo e Solferino dopo la scomparsa della sorella, la marchesa Caterina, che ne aveva retto il governo per conto del tre figli minori Alfonso, Ferrante ed Orazio Gonzaga. Fu nominato governatore di Como, dove morì nel 1578.
La sua figura nel 1839 venne ricordata in un dramma in cinque atti scritto da Felice Turotti dal titolo Il conte Giovanni Anguissola.