La famiglia Farnese fu un'influente famiglia del Rinascimento italiano, governò il Ducato di Parma e Piacenza tra il 1545 e il 1731 e il Ducato di Castro dal 1537 al 1649. Tra i suoi membri più importanti si ricordano papa Paolo III, fondatore del ducato, Pier Luigi Farnese, primo duca di Parma, Alessandro Farnese, governatore dei Paesi Bassi spagnoli e Elisabetta Farnese, regina consorte di Spagna.
Farnese è una famiglia di antichissime origini stanziata in un primo tempo in un territorio conosciuto con il toponimo di Farnetum (termine che molto probabilmente sta alla base del casato, significa "querceto" in latino). L'unica cosa che possiamo accettare con un certo grado di sicurezza è che a partire dal XII secolo, quando si diffuse in Italia l'uso dei patronimici, essi adottarono il nome di uno dei loro più antichi possedimenti.
Certamente i Farnese sarebbero stati annientati dai loro vicini (prefetti di Roma, conti d'Anguillara, signori di Bisenzio) se fossero rimasti confinati nelle loro terre. Per questo motivo iniziarono a dividere il loro tempo tra campagna e città.
Nel XII secolo erano noti come domicelli Tuscanienses in quanto i loro possedimenti si trovavano nella diocesi di Tuscania; gli annali di Orvieto sono, inoltre, testimoni della loro presenza attiva in questo municipio, dove li troviamo investiti delle cariche di podestà, console o vescovo, ma si distinsero soprattutto come condottieri, sia che conducessero le milizie municipali nella difesa della città, sia che si gettassero nei disordini provocati dalle discordie tra partiti.
Le prime notizie che si hanno di Farnese o Farneto, sono molto tarde (circa 1210), ma sappiamo dell'esistenza di Sala, che il territorio di Farnese era compreso in un feudo posto sotto la protezione di Orvieto. In questa città i membri della famiglia venivano appellati come i signori “de Farneto” e la loro presenza è ampiamente documentata. Il primo Farnese di cui si hanno notizie storiche è un certo Pietro, console di Orvieto nel 984.
Nel 1096 un altro Pietro fu comandante della cavalleria pontificia che nel 1110 sconfisse gli eserciti Ghibellini di Toscana e, probabilmente, fondò il borgo di Orbetello. Verosimilmente il Petrus de Farneto che combatté in Puglia nel 1134 contro i Normanni è identificabile in quest'ultimo. Suo figlio Prudenzio, console di Orvieto nel 1154 accolse il Pontefice Adriano IV in fuga da Roma a causa dei tumulti provocati da Arnaldo da Brescia. Quattro anni dopo, lo stesso Prudenzio sconfisse i fuoriusciti orvietani appoggiati dai ghibellini senesi. Un altro Pietro difese la città di Orvieto dall'assalto dell'imperatore Enrico VI.
Altri personaggi noti in quei tempi furono Pepone di Pietro e Ranuccio, presenti alla Pace di Venezia del 1177 in qualità di rappresentanti della città di Orvieto. Nel 1254 un Ranuccio sconfisse le schiere di Todi e papa Urbano IV lo prese al suo servizio contro Manfredi di Sicilia. Suo figlio Niccolò partecipò come comandante della cavalleria orvietana inquadrata con le truppe di Carlo I d'Angiò alla battaglia di Benevento del 26 febbraio 1266, in cui Manfredi trovò la morte, segnando la fine degli Svevi in Italia. Monsignor Guido fu vescovo di Orvieto fin dal 1302 e proprio lui fece ampliare il duomo per conservarvi il corporale macchiato dal sangue del “Miracolo di Bolsena” (1263). Un altro Pietro fu comandante dell'esercito nella guerra del 1320-1321 contro Corneto.
I Farnese tornarono nella Tuscia nel 1319. In quell'anno presero possesso dei territori di Farnese e di Ischia, del Castello di Sala e di quello di San Savino, nei pressi di Tuscania. Nel 1340 i Farnese giurarono cieca obbedienza ai difensori del Patrimonio di San Pietro e così, già nel 1354 il cardinale Egidio Albornoz, in segno di gratitudine del Pontefice per l'aiuto militare ricevuto nel recupero delle terre e dei castelli perduti durante la cattività avignonese, concesse a Puccio, Pietro e Ranuccio Farnese il territorio di Valentano. Nel 1360 questi guerrieri marciavano sotto le insegne di Pandolfo d'Anguillara, capo della fazione guelfa, contro i ghibellini capitanati dal prefetto di Vico.
Nel 1362 Pietro Farnese fu capitano generale dei fiorentini nella guerra contro Pisa per il controllo di Volterra; riportata la vittoria, ebbe l'onore di un monumento equestre in Santa Maria del Fiore e, essendo morto l'anno seguente, quello di un sarcofago nella stessa chiesa. Nel 1368 Nicolò Farnese, dopo l'attacco del prefetto Giovanni di Vico, portò in salvo il pontefice Urbano V prima nella Rocca di Viterbo e, successivamente, in quella di Montefiascone.
Queste prove di fedeltà permisero alla famiglia di confermare il possesso dei territori posti sotto il suo dominio, di vantare una serie di privilegi nei confronti della Camera Apostolica tali da permettergli di imparentarsi con le maggiori famiglie dell'epoca (gli Orsini, i Savelli, i Colonna, i Monaldeschi e gli Sforza di Santa Fiora) e di instaurare rapporti diplomatici con le Signorie di importanti città quali Siena, proponendosi come famiglia padrona dell'Alto Lazio.
Nel Quattrocento si assiste ad un incremento della potenza della famiglia, tanto che il territorio posto sotto la loro influenza si estende fino a comprendere la sponda occidentale del lago di Bolsena, comprese le due isole (Martana e Bisentina) e la fascia di territorio compresa tra i Colli Vulsini ed il mare, fino a Montalto. L'artefice di questa nuova espansione fu Ranuccio il Vecchio, figlio di Pietro e fratello di Bartolomeo, il capostipite del ramo di Latera. Ranuccio, già dal 1408, possedeva il vicariato di Latera. Nel 1416 Siena lo nominò capitano generale dell'esercito contro il conte di Pitigliano (un Orsini); con la vittoria del 1417 Ranuccio venne nominato Senatore di Roma. In virtù della sua amicizia con la famiglia Colonna e, in special modo con papa Martino V venne in possesso del castello di Piansano; grazie poi ai favori di Papa Eugenio IV poté accumulare maggiori ricchezze, inserire il casato Farnese tra le grandi famiglie romane, occupare le terre di Valturano, Latera, il castello di Marta, di Montalto, parte dei territori di Tessennano, Canino e Gradoli (tra il 1431 ed il 1436). Nel 1434 lo stesso Pontefice gli conferì le insegne della Rosa d'Oro ed il Gonfalone della Chiesa. Ranuccio sposò Agnese Monaldeschi. Fra i molti figli che ebbero, i più importanti furono: Pier Luigi e Gabriele Francesco, che in seguito sposò Isabella Orsini e da cui venne il ramo che continuò le gesta militari della famiglia, ramo che però si estinse alla terza generazione. Ranuccio morì il 10 agosto 1450.
Dopo la morte di Ranuccio il Vecchio, la politica di avvicinamento della famiglia alla corte papale non si fermò, anzi, grazie al matrimonio tra Pier Luigi Seniore, figlio di Ranuccio, e Giovannella Caetani, figlia di Onorato signore di Sermoneta, si trovarono imparentati con una discendente di papa Bonifacio VIII e quindi con gran parte della nobiltà romana. Da questo matrimonio nacquero questi figli: Angelo, Alessandro, Girolama e Giulia "la bella". È proprio grazie a questa "gran dama" che i loro figli Giulia ed Alessandro, prima cardinale e poi papa, riusciranno a distinguersi nel panorama dell'aristocrazia romana.
Alessandro nacque il 28 febbraio 1468 nella Rocca di Canino. Pochi anni dopo i Farnese abbandoneranno questa residenza per trasferirsi a Valentano. Dal 1487 al 1489 Alessandro studiò presso la scuola dell'umanista Pomponio Leto a Roma e presso l'Accademia di Lorenzo de' Medici a Firenze, mostrando grandi doti intellettive. Nel 1491 fu segretario e notaio apostolico; nel 1492 fu tesoriere apostolico; nel 1493 papa Alessandro VI Borgia gli concesse la porpora cardinalizia. Nella Città Eterna non si parlava d'altro che della tresca tra il Papa e Giulia “la bella”, sorella di Alessandro. Il famoso Pasquino tuonò contro Alessandro ed Ippolito d'Este, i due neocardinali, con questa quartina: «Alessandro, tu devi a tua sorella / Giulia il cardinalato, ché la gonna / alzò, e tu, Ippolito, a madonna / Adriana, che un tempo fu sì bella». Ma il popolo fu ancora più pungente definendo il “Cardinal Farnese” “Cardinal Fregnese”. Comunque nonostante queste maldicenze la sua carriera non si interruppe e nel 1494 fu nominato legato del Patrimonio di San Pietro in Tuscia. Infine, pur non essendo ancora sacerdote, nel 1499 fu vescovo di Montefiascone e Corneto.
Mentre Alessandro si faceva strada alla corte di papa Borgia, Giulia si divideva tra il feudo del marito Orsino Orsini e la stanze di Alessandro VI; Girolama si era sposata con un Pucci di Firenze ed Angelo, il maggiore dei figli di Pier Luigi Seniore (morto nel 1489), rivestiva il ruolo di “capo della casata” e, dalla Rocca di Valentano, si occupava dei possedimenti familiari. In questo periodo la loro dimora, in occasione del matrimonio con Lella, figlia di Nicola Orsini di Pitigliano, avvenuto nel 1488, si arricchì di uno splendido cortile con colonnato inferiore e loggia superiore. Sui capitelli del colonnato oltre alle armi delle due famiglie, sono scolpiti gli auguri di fertilità e prosperità per la coppia con la rappresentazione allegorica della fioritura del giglio farnesiano e la decorazione a trofei. Angelo Farnese morì a Capodimonte nel 1494 e Lella Orsini, per essere fedele al giuramento coniugale si fece suora di clausura nel Monastero delle Murate a Firenze.

Nonostante Alessandro fosse considerato una creatura di papa Borgia, il suo successore ed avversario, papa Giulio II, lo portò dalla sua parte nominandolo Legato della Marca anconitana (1502). In questo periodo ebbe una relazione illecita con Silvia Rufini, vedova di Giovanni Battista Crispo, da cui ebbe quattro figli: Pier Luigi (1503) e Paolo (1504), legittimati proprio da Giulio II, Ranuccio e Costanza. Nel 1509 fu nominato vescovo di Parma e nel giorno di Natale del 1519 vi celebrò la prima messa dopo la sua ordinazione sacerdotale. La sua ordinazione coincise con un cambiamento radicale di mentalità e di autodisciplina, teso alla purificazione dei costumi che sarà lo spirito guida del Concilio di Trento. Il 13 ottobre 1534, all'età di 67 anni, dopo un conclave durato due giorni, salì al Soglio pontificio con il nome di Paolo III. Il nuovo Papa sostenne lo sviluppo di nuove congregazioni religiose: i Teatini, i Barnabiti e le Orsoline e sostenne, con la bolla Regiminis militantis ecclesiae del 27 settembre 1540, sia la Compagnia di Gesù, che la congregazione dell'Inquisizione romana, organismo nato per la lotta contro l'eresia, con pieni poteri censori ed esecutivi. Il suo operato fu però macchiato, in modo evidente, dal nepotismo: immediatamente dopo la sua elezione creò cardinali i nipoti Alessandro, figlio di Pier Luigi e Guidascanio Sforza, figlio di Costanza. Ma la sua creatura prediletta era il figlio maggiore Pier Luigi, sposato con Gerolama Orsini di Pitigliano dal 1519.
Paolo III nominò il figlio Pier Luigi "gonfaloniere di santa Romana Chiesa", poi, nel 1537 lo insignì del titolo di duca di Castro che gli conferiva il pieno possesso e il dominio degli antichi possedimenti compresi fra il mare e il lago di Bolsena (Castro, Montalto, Musignano, Ponte della Badia, Canino, Cellere, Pianiano, Arlena, Tessennano, Piansano, Valentano, Ischia, Gradoli, Grotte, Borghetto, Bisenzio, Capodimonte, Marta, le Isole Bisentina e Martana) e della Contea di Ronciglione (Ronciglione stesso, Caprarola, Nepi, Fabrica di Roma, Canepina, Vallerano, Vignanello, Corchiano, Castel Sant'Elia). Quale capitale del nuovo ducato fu scelta Castro che, nel 1527, aveva subito un grosso saccheggio proprio a causa di Alessandro Farnese che l'aveva fatta occupare suscitando le ire di papa Clemente VII. Castro ricambiò la scelta farnesiana collocando sul proprio stemma, costituito da un leone rampante, tre gigli azzurri e il motto “Castrum Civitas Fidelis”. I Farnese, coadiuvati da Antonio da Sangallo il Giovane, ricostruirono completamente la città di Castro.
In seguito alla creazione nel 1545 del ducato di Parma e Piacenza, Pier Luigi abbandonò quindi Castro e si diresse verso Piacenza, lasciando i territori della Camera Apostolica.
I nuovi sudditi non accettarono Pier Luigi e il 10 settembre 1547 il Duca fu assassinato da un manipolo di uomini comandato da Giovanni Anguissola e Agostino Landi, coalizzati con Ferrante I Gonzaga, viceré di Milano e rappresentante di Carlo V in Italia. Pier Luigi fu sgozzato ed il suo corpo venne gettato nel fossato sottostante il palazzo Farnese di Piacenza. Il cadavere fu poi recuperato e portato al convento della chiesa ducale, rimase per 9 mesi nel convento dei frati "di campagna". Il 3 luglio 1548 venne portato via Po a Parma, dove ricevette un funerale onorevole, in seguito venne portato alla chiesetta dell'isola Bisentina del lago di Bolsena, fatta costruire da Ranuccio Farnese nel 1449. La notizia della sua morte fu un colpo terribile per il Papa, anche perché si apriva una disputa con l'imperatore Carlo V per il dominio sul Ducato, disputa immediatamente risolta con l'insediamento sul Trono ducale di Ottavio Farnese, figlio di Pier Luigi.

Il 10 novembre 1549, all'età di 82 anni, dopo 15 anni di pontificato, si spegneva Paolo III, assistito dal nipote Alessandro, che avrebbe rappresentato la famiglia Farnese a Roma per i successivi 50 anni. Alessandro Farnese, primogenito di Pier Luigi, nacque nella Rocca di Valentano il 7 ottobre 1520. Divenne cardinale all'età di 14 anni e fu immediatamente destinato al vescovato di Parma. I benefici laici ed ecclesiastici di cui godeva vennero valutati in cinquecentomila scudi annui. Tale cifra, veramente ragguardevole, gli permise di imporsi nella seconda metà del Cinquecento come grande figura di mecenate. Nel 1539 fu inviato in Spagna, come rappresentante della Sede apostolica, per trattare la pace con il Re di Francia, la cessione di Milano ed il matrimonio di una figlia di Carlo V. Nel 1541 fu Nunzio Apostolico ad Avignone e vescovo di varie diocesi. Nel 1550 fu uno dei sostenitori dell'elezione di papa Giulio III, che lo ricompensò assegnando definitivamente al fratello Ottavio il ducato di Parma e Piacenza. Alessandro Farnese morì a Roma il 4 marzo 1589.
Nel 1551 Ottavio, sposo di Margherita d'Austria, figlia di Carlo V, dovette difendere il Ducato di Parma e Piacenza dall'invasione delle truppe imperiali e papali, riaffermandone così il proprio dominio. Fu proprio lui che, grazie ad un accordo politico con Filippo II di Spagna, portò alla definitiva affermazione del potere farnesiano sul ducato e riuscì a mantenere sul proprio stemma il "palo di Gonfaloniere di Santa Romana Chiesa" (1566), come preciso riconoscimento del suo potere da parte della Santa Sede. Nonostante le grandi riforme in tutti i campi, anche lui rischiò di cadere vittima di una congiura perpetrata dal conte Claudio Landi (1579-1580).
Quando Ottavio si spense, nel 1586, gli succedette il figlio Alessandro (1545-1592), sposo di Maria d'Aviz. Il Duca ebbe modo di combattere alla battaglia di Lepanto nel 1571, a fianco di Marcantonio Colonna, e ad altre battaglie contro gli infedeli nei Balcani. I suoi trascorsi militari lo agevolarono nella nomina a generale comandante nella guerra di Fiandra, dove troverà la morte, nel 1592, a causa dei postumi di una ferita.
Ad Alessandro successe il duca Ranuccio I, che governò con pugno di ferro per circa un trentennio. Nel 1599 sposò Margherita Aldobrandini, nipote di papa Clemente VIII. Nel 1611 scoprì una presunta congiura ai suoi danni e fece arrestare molti nobili. Il processo-farsa portò alla condanna dei congiurati, alla loro decapitazione ed alla confisca dei loro beni. Il Duca morì nel 1622 all'età di 52 anni.Suo erede fu il figlio Odoardo I di appena 10 anni. La reggenza del ducato venne comunque assicurata dalla madre Margherita Aldobrandini e dallo zio cardinale Odoardo Farnese. Nel 1628 Odoardo I sposò Margherita de' Medici. Nel 1636 fu coinvolto nella guerra tra Francia e Spagna; in questa occasione subì una cocente sconfitta e solo l'intervento del Papa e del Granduca di Toscana salvarono il suo ducato. Nel 1641 a causa dei debiti contratti con l'erezione dei Monti Farnesiani, dovette subire la prima guerra di Castro contro papa Urbano VIII Barberini; solo l'intervento della Francia riuscì a portare la pace tra i due contendenti (1644). Odoardo I morì nel 1646.
Ad Odoardo I successe il figlio sedicenne Ranuccio II; durante il suo regno i Farnese, per le conseguenze del nepotismo di Paolo III, causa dell'odio di molte case nobiliari italiane nei loro confronti, persero Castro. Il 3 dicembre 1649 monsignor Giulio Spinola, governatore di Viterbo e rettore del Patrimonio di San Pietro in Tuscia, comunicò a papa Innocenzo X Pamphili l'avvenuta distruzione della città di Castro.

Il pretesto di questa decisione era scaturito il 18 marzo dello stesso anno, quando due sicari (Domenico Cocchi di Valentano e Ranuccio Zambrini di Gradoli), nei pressi di Monterosi, uccisero il padre Barnabita Cristoforo Giarda, nominato vescovo di Castro contro il volere farnesiano. Innocenzo X emise la scomunica contro mandanti ed esecutori del delitto, individuando il mandante in Ranuccio II.
Il successivo atto fu l'occupazione del ducato di Castro. Innocenzo X, in pieno disprezzo dei patti di resa sottoscritti il 2 settembre 1649 tra Sansone Asinelli, comandante del presidio di Castro, e il comandante delle truppe pontificie Davide Vidman, disponeva non solo per la prevista demolizione delle fortificazioni, ma anche dell'intera città, senza risparmiare i numerosi luoghi di culto. Secondo la tradizione sulle rovine della città fu sparso del sale ed innalzata una colonna con l'iscrizione “Qui fu Castro”. Con la scomparsa della città, scomparivano dalla Tuscia anche i Farnese. Il passaggio di Castro e Ronciglione alla Chiesa di Roma fu sancito definitivamente nel 1667 da papa Clemente IX. Ranuccio II si sposò tre volte, la prima con Margherita Violante di Savoia (1659) morta dopo tre anni e la seconda con Isabella d'Este e la terza con Maria d'Este. Morì nel 1694, alla fine di un secolo in cui la corte di Parma era assurta ad una delle più fastose d'Europa.
Francesco Farnese (nato nel 1678), successore di Ranuccio II e marito della vedova del principe Odoardo II, Dorotea Sofia di Neuburg, seppe porsi in evidenza come grande politico, riuscendo a far sposare la figliastra Elisabetta a Filippo V di Spagna.
Alla sua morte, avvenuta improvvisamente nel 1727, il ducato passò sotto la reggenza di Antonio (nato nel 1679). Nel 1728 Antonio sposò Enrichetta d'Este, ma nel 1731 morì senza lasciare eredi. Con lui si estingueva la linea maschile della famiglia Farnese. L'arrivo a Parma, nell'ottobre 1732, del Duca Carlo di Borbone, figlio di Elisabetta Farnese, sancirà l'eredità farnesiana della famiglia Borbone.